為因應存款全額保障措施於99年12月31日屆期後將恢復限額保障制度，行政院金融監督管理委員會、財政部及中央銀行業於99年8月12日會銜發布「存款保險最高保額自民國100年1月1日起提高為新臺幣300萬元。」該項政策將使我國受保障存款戶之戶數比率提高至98.6%，亦即極大多數存款人的存款均可受到存款保險之保障。
為利存款全額保障措施於本年底順利退場，政府除對每一存款人在每家已加入存款保險之金融機構之存款保障額度提高至新臺幣300萬元外，另亦研擬修法將外幣存款及新台幣、外幣之存款利息納入存款保險保障範圍。
為確保金融機構健全經營，存款全額保障期間所採取之強化監理措施，包括強化金融機構公司治理、內部控制及內部稽核機制；加強金融機構資本適足性管理、財務健全性及負債結構管理，確保資金流動性；加強執行立即糾正措施等，於存款全額保障措施屆期後仍將持續辦理。另為強化中央存款保險公司承擔風險之能力，已研議調整存款保險費率，加速存款保險賠款特別準備金之累積。

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